عفونت‌هاي تنفسي از جمله عفونت‌های شایع در ميان نظامیان محسوب می‌شوند. اين عفونت‌ها مي‌توانند از آبریزش و گرفتگي بيني، التهاب گلو همراه تب و پنومونی (التهاب بسیار شديد ريه) متغير باشند. زندگی جمعی نظامیان (نیروهای آموزشی و سرباز) مي‌تواند منجر به انتقال مؤثر عوامل بیماری‌زای تنفسي ميان آنها گردد. تحقيقات اوليه در ميان سربازان نشان داد كه بروز بيماري‌های تنفسي با افزايش تعداد سربازان در حين آموزش، ارتباط مستقیم دارد. پژوهش‌های ديگري نیز افزايش میزان عفونت‌هاي تنفسي در طول ماه‌های زمستان را نشان داده‌اند. عوامل بيماري‌زاي باكتريايي شایع كه در عفونت‌هاي تنفسي همه‌گير در آسایشگاه‌های نظامي دخيل‌اند شامل: استرپتوكوكوس پيوژنز، استرپتوكوكوس پنومونيه، بوردتلا پرتوسيس، مايكوپلاسما پنومونيه و كلاميديا پنومونيه هستند. عوامل بيماري‌زاي ويروسي شایع نیز شامل: آدنوويروس‌ها، ويروس‌هاي آنفلوانزا و راينوويروس‌ها (ویروس‌های سرماخوردگی انسانی) هستند. از ميان عوامل بيماري‌زاي باكتريايي، استرپتوكوكوس پيوژنز در بسياري از محيط‌هاي نظامي، يك ارگانيسم بومي محسوب می‌گردد. به علت شيوع بالاي عفونت‌های استرپتوكوكی گروه A ، ارتش آمریکا براي كنترل و عواقب پس از عفونت، از پنی‌سیلین G بنزاتین استفاده نموده است. همچنین استفاده از واکسن پنوموکوکال و استفاده از آنتی‌بیوتیک آزيترومايسين منجر به خاتمه عفونت‌هایی گرديد كه سربازان نيروي تكاور دريايي را درگير نموده بود. گزارش‌های پراكنده‌اي از وقوع موارد سیاه‌سرفه در ميان سربازاني كه در سربازخانه‌ها زندگي مي‌كنند وجود دارد. طی تحقیقی بوردتلا پرتوسیس (عامل سیاه‌سرفه) به عنوان يك علت احتمالي سرفه‌هاي طولاني در ميان 17% كارآموزان در نظر گرفته‌شده است. اين باكتري مي‌تواند يك عامل بیماری‌زای دست‌کم گرفته‌شده تلقي گردد، این بیماری بسيار مسري بوده و داراي قابليت انتقال آسان در ميان سربازخانه‌ها است. آدنوويروس‌ها از جمله شايع‌ترين عوامل بيماري‌زاي ويروسي مي‌باشند كه در سربازخانه‌ها مشاهده مي‌گردند. آنها مسبب تعداد زيادي عفونت تنفسي در ميان سربازان ارتش آمریکا تلقي ‌می‌گردند. آدنوويروس‌ها، بومي آسایشگاه‌های نظامي مختلف و تأسيسات آموزشي هستند و سربازان در اوايل دوره آموزشي خود دچار عفونت مي‌گردند. اين عفونت‌ها داراي طيف گسترده‌اي، از عفونت بدون علامت تا عفونت شديد ریه هستند كه ممکن است منجر به مرگ شوند. شيوع گسترده كه در اثر همه‌گيري‌هاي آدنوويروسي سالانه ايجاد می‌شود، منجر به توسعه واكسن آدنوويروسي خوراكي زنده بر عليه سروتيپ‌هاي 4 و 7 آدنوويروس شد و به دنبال آن كاهش چشمگير موارد عفونت‌های آدنوويروسي مشاهده گرديد. متأسفانه، تنها تولیدکننده اين واكسن، در سال 1996 توليد اين واكسن را متوقف نمود كه منجر به بازگشت مجدد اين بيماري و تلفات گرديد. ويروس ديگري كه سبب همه‌گيري در ميان آسایشگاه‌های نظامي مي‌گردد، ويروس آنفلوانزا است. اولين شيوع ثبت شده آنفلوانزا در طول همه‌گيري آنفلوانزا در سال 1918، در ميان نظامیان Fort Riley، در كانزاس بود كه با گسترش متعاقب آن در سطح ایالات‌متحده همراه بود.

 سربازان بستری شده مبتلا به آنفلوانزا در بیمارستانی در کمپ فان استون در کانزاس سال 1918

اين عفونت از طريق واكسيناسيون اجباري سالانه آنفلوانزا در نظامیان ارتش آمریکا، كاهش يافت. اگرچه، شيوع‌هاي جزئي آنفلوانزا علی‌رغم واكسيناسيون‌ها، همچنان وجود دارند. شيوع سال 1976 آنفلوانزاي خوكي H1N1 نوع A در فورت ديكس، نيوجرسي كه منجر به بيماري 13 سرباز و مرگ 1 نفر گرديد، قابليت سويه بعدي آنفلوانزاي را در ايجاد شيوع ويرانگر و مرگ‌ومیر در ميان آسایشگاه‌های نظامي در صورت عدم وجود يك واكسن مؤثر را نشان داد. ويروس‌هاي ديگري كه باعث ايجاد بيماري در آسایشگاه‌های (سربازخانه‌ها) نظامي می‌شوند، شامل: راينوويروس‌ها، كورونا ويروس‌ها، کوکساکی ويروس A21 هستند، البته بر اساس گزارش‌های منتشر شده به نظر نمي‌رسد كه اين ويروس‌ها باعث بار بيماري قابل‌توجهي گردند. همچنين قبل از كاربرد گسترده واكسن آبله مرغان، همه‌گيري‌هایی در ميان نظامیان ارتش آمریکا كه در سربازخانه‌هاي باز زندگي مي‌كردند، وجود داشته و نرخ‌هاي تهاجم بالايي در ميان افراد بزرگسال آسيب‌پذير مشاهده گردید. محيط سربازخانه همچنين مي‌تواند منجر به افزايش انتقال سل در ميان سربازان گردد. پيش از شروع آموزش، همگي سربازان باید از طريق آزمايش پوستی توبركولين و پس از آن در صورت مثبت بودن آزمايش اوليه، انجام راديوگرافي سينه، غربال‌گري مي‌شوند. اين روش سبب پيشگيري از اغلب موارد سل فعال در ميان سربازخانه‌ها مي‌گردد، اگر‌چه اغلب شيوع‌هاي سل در ارتش آمریکا روي كشتي‌هاي نيروي دريايي گزارش ‌شده‌اند.